一般受託解析サービス

RNAseq 解析　　Basic Plan, Advanced Plan

＜特長＞

・fastqファイルから遺伝子発現カウント取得、クラスタリング、比較解析、エンリッチメント解析などベーシックなRNAseq解析プランです

・オプションでスプライシングバリアント解析や融合遺伝子解析を付け加えることもできます

＜解析概要＞

fastqファイルのクオリティコントロール

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reference genomeへのマッピング、遺伝子毎のカウントデータを取得、正規化処理

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得られたカウントデータに対して、遺伝子の座標や機能、データベース毎の遺伝子IDなど種々の情報のアノテーションを実施

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クラスタリング、発現変動比較解析、Gene Enrichment解析、Pathway解析、転写因子予測解析を行います。

RNAseq Basic Plan

次世代シークエンス（AZENTA社）＋　RNAseq Basic Plan 一括受託サービス開始！キャンペーン実施中！

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　※詳細はお問い合せください

fastqファイルから遺伝子発現カウント取得、クラスタリング、比較解析、エンリッチメント解析などベーシックなRNAseq解析プランです。

価格：20,000円/sample　 ※多検体割引あり　　　　

１次解析

納期：2 週間

解析仕様：fastqファイルに対して、クオリティコントロールを行い、reference genomeへのマッピングを実施します。マッピング結果から遺伝子発現カウントを取得し、正規化処理を実施します。

提供データ：カウントデータ表ファイル、正規化データ (fpkm, tpm) 表ファイル

１次解析 + ２次解析

納期：３週間

解析仕様：fastqファイルに対して、クオリティコントロールを行い、refarence genomeへのマッピングを実施します。マッピング結果から遺伝子発現カウントを取得し、正規化処理・クラスタリングを実施します。

サンプルの群分け、比較デザインを提出していただき、発現変動比較解析後、Gene Enrichment解析、Pathway解析、転写因子予測解析を行います。

提供データ：発現カウントデータ、正規化データ、クラスタリング（階層クラスタリング、PCA）のFig、発現比較検定結果、MAplot, Volcano Plot, GO解析、Pathway解析、転写因子予測解析の検定結果

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　※転写因子予測解析はヒト、マウス、ショウジョウバエのみ対象となります

GO解析（イメージ）

RNAseq Advanced Option

～ご要望に応じて様々なオプションを取り揃えています～

GO解析（イメージ）

納品物事例

下記のような提供データ、作業報告書を納品いたします。※生物種によっては含まれないものもあります

MAPLOT

主成分分析図

転写因子予測解析

発現比較遺伝子のヒートマップ

DNAseq 解析　　　

Whole Genome Sequence (WGS), Whole Exome Sequence (WES)

＜特長＞

・fastqファイルに対して、クオリティコントロールを行い、reference genomeへのマッピングを実施します。マッピング結果からSNP, INDELのVariant Callおよびコピーナンバー（CNV）解析を実施し、種々のデータベースによるアノテーションを実施するベーシックな解析プランです

＜解析概要＞

fastqファイルのクオリティコントロール

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reference genomeへのマッピング、Mark Duplicate, Base Scoreの校正

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SNV及びINDELのCall

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dbSNP, gnomAD, ClinVar等の公共データベースを用い、CallされたSNV, INDELに対して疾患との関係や健常コホートにおけるAllele Frequencyを基準にVariantのフィルタリングを行う

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マッピングカバレッジ比率からコピーナンバー（CNV）解析を行い、構造変化が起きている領域の推定を行う

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